Após três anos, a França foi dominada por classes populares que decidiram acabar com a escravidão em todas as suas colônias. Apesar de já estarem livres da escravidão, o Haiti, ainda sob o comando de Louverture, decidiu intervir na mobilização de liberdade dos escravos da ilha colonizada pelos espanhóis, no ano de 1801. Nessa mesma época, Napoleão Bonaparte estava assumindo a França, se mostrando contrário a essa atitude, decidiu intervir.
Já no ano de 1803, Bonaparte enviou um exército ao Haiti responsáveis pela prisão de Toussaint Louverture, que morreu dois anos depois em uma prisão na França. Contudo, os haitianos não desistiram e contaram com o apoio e liderança de Jacques Dessalines, que juntos derrotaram o exército francês, mas não conseguiram proclamar a independência do Haiti oficialmente.
Dessalines foi traído e morto em 1806, e com isso o Haiti passou a ser considerado uma república. Contudo, só foi declarado independente em 1825, quando pagou ao governo francês uma indenização de 150 milhões de francos. Contudo, esse foi só um dos prejuízos econômicos que o Haiti obteve como saldo da independência. Além disso, as relações de exportações que mantinha quando eram colônia foram canceladas a partir da revolução, uma vez que os países que comercializavam com a ilha ficaram com medo que a rebelião se expandisse para as suas colônias.