A separação entre os domínios bacteria e archaea ocorreu em 1977, quando o microbiólogo Carl Woese (1928-2012) verificou que, a partir de seus trabalhos comparativos de sequências de DNA de diversos organismos, era possível separá-los em três grandes grupos distintos: bacteria, archaea e eukarya. Nessa divisão, são consideradas a composição do RNA ribossômico, estrutura da parede celular e metabolismo.
Assim, o archaea pode ser considerado como um reino, dentro do domínio procariota, ou como um domínio.
Algumas características morfológicas das arqueias são semelhantes às das bactérias, incluindo o fato de serem procariotas, isto é, sem a presença de um núcleo delimitado por uma membrana.
Determinadas características das arqueias podem ser encontradas em eucariotas ou em bactérias, como, por exemplo, o fato de geralmente possuírem um único cromossomo circular (como as bactérias) e a possibilidade de seus cromossomos terem mais do que uma origem de replicação (o que se acreditava ocorrer apenas nos eucariotas).
Algumas das diferenças entre os reinos arquea e bacteria são as seguintes: as arqueias não possuem peptidoglicanos na parede celular, têm a capacidade de produzir metano como resíduo do metabolismo (trata-se de algumas arqueias pertencentes ao filo euryarchaeota e que são chamadas de metanogénios) e podem sobreviver em ambientes extremos de vida.