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Os quatro grupos ou filos são: chytridiomycota (quitridiomicetos ou quitrídios), zygomycota, ascomycota e basidiomycota.
Este filo é representado pelos fungos de ambiente aquático onde os zoósporos podem se deslocar na água. Na evolução dos fungos, houve a perda do flagelo, propiciando a ocupação do ambiente terrestre por esses organismos.
Os citridiomicetos, também conhecidos como mastigomicetos (mastix: flagelo e mycetos: fungo), podem se assemelhar as amebas em algumas fases de seu ciclo de vida e não possuem a parede celular constituída por quitina, mas apenas por celulose e polissacarídeos. Eles podem ainda serem divididos em dois grupos distintos: Os sapróbios, que se alimentam de restos de plantas e animais, e os parasitas, responsáveis por causar doenças em batatas.
Os zigomicetos são os fungos que, em geral, são usados na confecção de molho de soja e hormônios, como anticoncepcionais e anti-inflamatórios. Seu corpo de frutificação se constitui numa penugem de coloração branca cheia de pontos escuros que são os esporângios.
Há mais de 1.000 espécies deste tipo de fungo e eles podem ser encontrados em quase toda a parte, agindo como parasitas em alguns animais ou como decompositores. O mais conhecido representante deste filo é o Rhizobux, que causa bolores em doces, pães e frutas.
Os ascomycotas, ou ascomicetos, abrangem metade das espécies conhecidas de fungo. O mais popular é o levedo, associado ao fermento de padaria e confecção de produtos como pão, álcool e bebidas alcoólicas. Outra espécie bastante conhecida é o Penicillium, empregada em estudos genéticos, responsável pela produção de penicilina e de alguns queijos. Há mais de 32.000 espécies deste fungo e eles são responsáveis pela formação das estruturas reprodutivas sexuadas conhecidas como asco, daí o seu nome.
Conhecidos também como basidiomicetos, eles são os que produzem a estrutura sexuada chamada basídio, de onde deriva seu nome. Possui mais de 22.000 espécies e são mais conhecidos como orelhas-de-pau, cogumelos [8], carvões e ferrugens, sendo estes dois responsáveis por causar doenças em plantas. Algumas espécies são comestíveis, enquanto que outras são terminantemente venenosas, como é o caso do Agaricius (conhecido como champignon) e o Amanita Muscaria.
São diversas as ordens existentes em cada filo. Filo ascomycota, ordens: Neolectales, Pneumocystidales, Schizosaccharomycetales, Taphrinales, entre outras; filo basidiomycota, ordens: Auriculariales, Dacrymycetales, Sebacinales, Christianseniales, entre outras; filo chytridiomycota, ordens: Blastocladiales, Chytridiales, Monoblepharidales, entre outras e filo zygomycota, ordens: Harpellales, Dimargaritales, Endogonales, Entomophthorales, entre outras.
Pode ser sexuada ou assexuada. Nos processos assexuados, os esporos (n) são originados por mitose e por isso, denominados de esporos assexuados. Nos processos sexuados, ocorre fusão de núcleos haploides de hifas distintas formando zigotos diploides. Estes sofrem meiose, originando esporos haploides, chamados esporos sexuados. No fungos a meiose é sempre zigótica.
São chamados de fungos imperfeitos, ou deuteromicetos, fungos que não apresentam fase sexuada do ciclo de vida, pois a perderam durante a evolução. Por análises moleculares, sabe-se que a maior parte dos deuteromicetos pode ser classificada como ascomicetos ou, mais raramente, como basidiomicetos. Os deuteromicetos não são mais considerados um grupo taxonômico válido.
Os fungos são, em sua maioria, decompositores, também chamados de sapróbios (sapro = podre) pois nutrem-se da matéria orgânica em decomposição, sendo assim, fundamentais na reciclagem da matéria orgânica. Apesar desse aspecto positivo da decomposição, esse processo também é responsável pelo apodrecimento de alimentos e de madeiras, provocando sérios prejuízos econômicos.
Muitos fungos são empregados na alimentação do ser humano, na fabricação de certos tipos de queijo, como o roquefort e o gorgonzola. Também são manipulados pela indústria farmacêutica na produção de antibióticos, como é o caso das espécies de Penicillium chrysogenum e do P. notatum, utilizados na produção da penicilina.
Algumas espécies de fungos vivem em associação mutualística com outros organismos. Entre os fungos mutualísticos, existem os que vivem associados a raízes de plantas, formando as micorrizas (raízes que contêm fungos).
As micorrizas são extremamente importantes nos ecossistemas. Os fungos absorvem água do solo, degradam matéria orgânica e absorvem os nutrientes liberados, transferindo-os em parte para a planta, que assim cresce sadia. A planta por sua vez, cede ao fungo certos açúcares e aminoácidos que ele necessita como alimento. Alguns tipos de fungos também podem atuar como parasitas de plantas e de animais.
Em plantas, por exemplo, a doença conhecida por ferrugem afeta plantações de café, trigo, entre outras. Em animais, podemos citar as micoses que afetam a pele humana, o sapinho (infecção na boca), a candidíase vaginal (doença sexualmente transmissível) e a histoplasmose (infecção nos pulmões).
Os fungos são seres capazes de sobreviver em praticamente todos os tipos de ambientes. Eles podem agir como parasitas de plantas ou animais e alimentar-se de matéria orgânica em estado de decomposição. Atualmente existem mais de 200.000 espécies de fungos em todo o planeta e algumas delas possuem características taxonômicas similares. Estas espécies são classificadas em Filos, de acordo com suas características evolutivas.