As atividades acadêmicas da UEA tiveram início no dia 3 de agosto de 2001 e, em 30 de junho de 2005, foi realizada a formatura da sua primeira turma, com 7.150 alunos do curso Normal Superior do Programa de Formação de Professores (Proformar). O Proformar foi um projeto vencedor do prêmio Objetivos do Milênio e apontado pela Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura (UNESCO) como um modelo a ser seguido por outras nações.
A instituição vem sendo uma grande referência no crescimento regional, na interiorização da educação e nos projetos de desenvolvimento social. Autônoma em sua política educacional, a UEA tem como missão a promoção da educação e o desenvolvimento do conhecimento científico, particularmente sobre a Amazônia.
A sua estrutura conta com cinco Unidades Acadêmicas na capital (Escolas Superiores); seis Centros de Estudos Superiores e 12 Núcleos de Ensino Superior no interior do estado. A UEA possui mais de 20 mil estudantes regularmente matriculados em seus cursos de graduação e pós-graduação.
A Universidade do Estado do Amazonas oferece três tipos de cursos superiores: Licenciatura, Bacharelado e Tecnológico.
Dentre os 20 cursos Tecnológicos estão Alimentos, Logística, Petróleo e Gás, e Construção Naval. As Licenciaturas incluem Dança, Teatro, Matemática, Física, Química, História e Geografia. A instituição ainda oferece 30 cursos de Bacharelado, incluindo Medicina, Direito, Administração, Odontologia, Turismo, Música, Teatro, Ciências Militares, Enfermagem, Arqueologia, Saúde Pública e Educação Física.
Atualmente, estão em funcionamento oito cursos de Mestrado e cinco de Doutorado, sendo três deles oferecidos em rede (Rede Amazônica de Educação em Ciências e Matemática – Reamec e Rede de Biodiversidade, Biotecnologia da Amazônia Legal – Bionorte e Programa Multicêntrico de Bioquímica e Biologia Molecular).