A história desta universidade começa a dar os primeiros passos na década de 60, quando surgiram as escolas isoladas criadas no eixo Ilhéus/Itabuna. Do nascimento da Faculdade de Direito de Ilhéus, da Faculdade de Filosofia de Itabuna e da Faculdade de Ciências Econômicas de Itabuna, as lideranças regionais e a Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira (CEPLAC), achou necessário congregar estas unidades em uma única instituição.
Assim, em 1972 as escolas passaram a funcionar em um único campus, conhecidas pela sigla Fespi. No entanto, a condição de unidade particular continuou e só foi questionada anos depois, quando o acesso a esta instituição estava complicado para os estudantes da região.
Levando em consideração esta prerrogativa da sociedade, o governador do Estado na época integrou a Fespi ao quadro de escolas públicas de 3º grau da Bahia, através da Lei 6.344 de 06/12/91.
Este marco, para a população de Ilhéus e região, ocorreu em 05 de dezembro de 1991. Porém, a UESC teve seu Quadro de Pessoal aprovado pela Lei nº 6.898, apenas em 1995.