Devido ao crescimento do Território Federal do Amapá, começou a ser discutido a importância e necessidade da construção de uma universidade autônoma no Amapá.
No dia 29 de agosto de 1986, através da Lei Federal nº 7.530, a UNIFAP foi criada, entrando em vigor pelo Decreto nº 98.997, de 2 de março de 1990.
O NEM ficou em atividade até 1992. As estruturas do núcleo foram reaproveitadas para formar a mais nova Universidade Federal Federal do Amapá.
A UNIFAP oferece cursos de graduação (27 cursos), pós-graduação (15 cursos), pesquisa e extensão. Ela possui um vínculo com o Ministério da Educação (MEC), por isso, para conseguir ingressar na universidade é preciso realizar o Exame Nacional de Ensino Médio (Enem).