Fechada sob alegação de falta de verbas para manutenção, em março de 1916, o CEFET/MEC fundiu-se à Escola Agrícola da Bahia e à Escola Média Teórico-Prática de Pinheiro, onde hoje estão instalados o campus de Pinheiral e a Escola Agrotécnica Nilo Peçanha.
Em 1918, a Escola foi transferida para a Alameda São Boaventura, em Niterói, onde funciona hoje o Horto Botânico do Estado do Rio de Janeiro. Em 1927, a Escola mudou-se para a Praia Vermelha, no Rio de Janeiro. Em fevereiro de 1934, o Decreto 23.857 transformou os cursos na Escola Nacional de Agronomia, Escola Nacional de Medicina Veterinária e Escola Nacional de Química.
Em 1938, o Decreto-Lei 982 integrou a Escola Nacional de Agronomia ao Centro Nacional de Ensino e Pesquisas Agronômicas (CNEPA), recém-criado, enquanto a Escola Nacional de Veterinária passou a subordinar-se diretamente ao Ministro do Estado.
O CNEPA foi reorganizado em 1943, pelo Decreto-Lei 6.155, de 30 de dezembro. Nascia a Universidade Rural, abrangendo na época a Escola Nacional de Agronomia, a Escola Nacional de Veterinária, Cursos de Aperfeiçoamento e Especialização, Cursos de Extensão, Serviço Escolar e Serviço de Desportos.
Com os Cursos de Aperfeiçoamento e Especialização iniciava-se um programa de treinamento pós-graduado para áreas específicas dos currículos de Agronomia e Veterinária. Um ano depois, o novo regimento do CNEPA, aprovado pelo Decreto-Lei 16.787, unificou os novos cursos de Aperfeiçoamento, Especialização e Extensão, além de criar o Conselho Universitário, à semelhança do hoje existente.
Somente em 1963, pelo Decreto 1.984, a Universidade Rural passou a denominar-se Universidade Federal Rural do Brasil, envolvendo a Escola Nacional de Agronomia, a Escola Nacional de Veterinária, as Escolas de Engenharia Florestal, Educação Técnica e Educação Familiar, além dos cursos técnicos de nível médio dos Colégios Técnicos de Economia Doméstica e Agrícola “Ildefonso Simões Lopes”.
Em 2006, a graduação da UFRRJ estava centralizada, sobretudo, no campus Seropédica. Junto com o prédio de aulas no município de Nova Iguaçu, a Universidade oferecia um total de 23 cursos. Através de parceria com o governo federal e o Ministério da Educação (MEC), por meio do Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni), a universidade passou por um processo de ampliação.
Na graduação, a UFRRJ abriu 34 novos cursos, totalizando 57; número que representa mais que o dobro em relação ao que disponibilizava em 2006. Sua tradição de ensino fortemente agrária se expande para as áreas de Ciências Humanas e Ciências Sociais Aplicadas e dois novos campus são criados: o de Nova Iguaçu (Instituto Multidisciplinar – IM) e o de Três Rios (Instituto Três Rios – ITR).
Também após o Reuni, a pós-graduação na UFRRJ passou por um período de expansão. Entre 2004 e 2014, houve um crescimento de mais de 100%, passando de 17 cursos oferecidos na modalidade stricto sensu para mestrado e doutorado em 2004, para 41 em 2014. Hoje, a UFRRJ tem cerca de 2.000 alunos matriculados em seus 41 cursos de pós-graduação stricto sensu.