O mais importante rio da bacia, batizado de “Velho Monge”, tem sua nascente situada nos contrafortes da chapada das Mangabeiras, área de confluência de outros três cursos de água: Curriola e Lontra, ambos pertencentes ao Piauí, além do Água Quente, este localizado na divisa entre o Maranhão e o Piauí. Não à toa é considerado o mais importante, o “Velho Monge” tem cerca de 1.450 quilômetros de extensão até desaguar no Oceano Atlântico.
Alto, Médio e Baixo Parnaíba. Esses são os três principais cursos. Destaca-se, no Médio Parnaíba, na região do município piauiense de Guadalupe, a Barragem de Boa Esperança, a qual mantém a usina hidrelétrica de Boa Esperança, a mesma integrante do sistema de energia da Companhia Hidroelétrica do São Francisco (Chesf).
A Bacia do Rio Parnaíba é composta por mais de três mil quilômetros de rios perenes, aqueles que nem mesmo durante os períodos de temperaturas elevadas chegam a secar. Nela há ainda 50% da água do subsolo da região Nordeste, estimada em 10 milhões de metros cúbicos a cada 12 meses, e também centenas de lagoas.
Em território piauiense, os afluentes mais importantes do Parnaíba são os rios Gurgueia, Uruçuí-Preto, Canindé, Poti e Longá. Já na área do Maranhão, o principal curso de água é o Rio Balsas.
O Parnaíba, antes de chegar ao oceano, compõe um extenso e recortado delta, considerado um dos três maiores do planeta, atrás apenas do delta do Nilo, no Egito, e do Mekong, no Vietnã. Ele é o único em mar aberto das Américas.