A segunda prova, que também vale 100 pontos para o candidato, é composta por 16 questões que abordam as seguintes matérias estudadas no Ensino Médio: Biologia, Física, Geografia, História, Inglês, Matemática e Química. Já a terceira prova, última parte da segunda fase da Fuvest, é formada por 12 questões sobre duas ou três disciplinas, dependendo da área do estudante. Também vale 100 pontos.
No final das duas fases, as provas são somadas e o aluno que obtiver maiores pontuações garante a vaga no curso desejado.
No primeiro dia de prova, os alunos só podem levar caneta esferográfica preta, lápis comum, borracha e régua e deve estar portando um documento com foto e uma foto 3X4 recente. Além disso, é permitido que os candidatos levem água e lanches leves para repor as energias da prova. No segundo dia, os estudantes podem portar ainda lápis, borracha, apontador e réguas. Não é permitido, em nenhuma das duas provas portar:
Além destas especificidades, todos os anos a Fuvest lança um edital para o candidato contendo as informações necessárias para as provas, incluindo leituras obrigatórias. No ano de 2016, por exemplo, as obras eram Viagens na Minha Terra, de Almeida Garrett; Til, de José de Alencar; Memórias de um Sargento de Milícias, de Manuel Antônio de Almeida; Memórias Póstumas de Brás Cubas, de Machado de Assis; O Cortiço, de Aluísio de Azevedo; A Cidade e as Serras, de Eça de Queirós; Vidas Secas, de Graciliano Ramos; Capitães de Areia, de Jorge Amado; e Sentimento de Mundo, de Carlos Drummond de Andrade.