A chegada dos jesuítas exerceu grande influência no ensino durante o Brasil colonial, pois os livros se concentravam em suas mãos. No Brasil do século XVI, os gêneros literários não tinham muito espaço, muito menos a filosofia. Nesta época, os colégios educadores se espalharam pelo Brasil, em cidades como Salvador, São Paulo e Rio de Janeiro. No ano de 1580, no colégio da Olinda, deu-se início ao estudo do pensamento filosófico, mas os livros eram escassos e, como já foi dito, estes estavam somente em mãos dos jesuítas. Alguns deles adotaram o modelo da fundação de Colégios e, outros, as missões, com a evangelização dos indígenas.
Em 1638, teve início o ensino de filosofia em nível superior, no Colégio do Rio de Janeiro. Conhecida como “saber de salvação”, esta filosofia teve os seguintes representantes: Diogo Gomes Carneiro, Nuno Marques Pereira e, também, o padre Vieira, com a sua moral da ação. A escolástica foi o pensamento predominante no Brasil até a segunda metade do século XVIII. Matias Aires costuma ser citado como o filósofo deste período, com a sua abordagem do problema da ética sob uma perspectiva teleológica. Outros filósofos de destaque da época são Feliciano Joaquim de Souza Nunes e Francisco Luis Leal.
Com as reformas iluministas feitas por Marquês de Pombal, o empirismo foi introduzido no país, assim como um movimento antiescolástico, com a reinterpretação de Aristóteles com base no empirismo do inglês John Locke. As reformas pombalinas encerraram as atividades dos jesuítas no Brasil e, após isso, a filosofia passou a ser divulgada em grupos maçons em diversas regiões do país.