Esse seu perfil populista, agradando a classe pobre, acabou deixando insatisfeito o outro lado da moeda, a classe mais elitizada, que decidiu organizar um movimento firme de oposição ao governo.
Eles não aceitavam Floriano como presidente, e iniciaram diversos protestos para tentar tirá-lo do poder. Exigiam que acontecesse uma nova eleição, seguindo a tese de que a Constituição declarava que caso um presidente passasse menos de dois anos no poder deveriam acontecer novas eleições, e o governo de Deodoro havia passado apenas 9 meses. Não cumprindo esse desejo da oposição, e descumprindo a Constituição, Floriano assumiu mesmo assim o país, sem organizar eleições diretas, o que lhe rendeu muitos conflitos.
Entre as muitas revoltas que seu governo enfrentou, duas aconteceram em 1893:
– A Revolta Federalista do Rio Grande do Sul
– A Revolta da Armada
Contando com o apoio de uma boa parte do Congresso Nacional da ala militar florianista e da classe média, Floriano usou de violência para lhe dar com ambas revoltas.
Quem mais admirava o governo de Floriano eram as classe menos favorecidas, a nação em si tinha um grande apreço pelo vice que se tornou presidente, pois ele tinha como foco ajudar aqueles que mais precisavam de ajuda, tomando medidas que pudessem contribuir para que todos, sem exceção, pudessem ter um custo de vida menor, e uma melhor forma de sobrevivência. Entre aqueles que não lhe apoiavam estavam os banqueiros estrangeiros e as oligarquias cafeeiras, ou seja, a classe mais rica do país.
Mesmo com toda essa popularidade, Floriano não quis tentar uma eleição a presidente, e continuar no poder, mesmo que muitos contassem com isso e insistissem para que ele desse continuidade a sua forma de governar.
No dia 15 de novembro de 1894, Prudente de Moraes assumiu a presidência da república, e Floriano saiu da vida pública por livre e espontânea vontade.