Com o tempo, alguns conflitos e ódio entre Recife e Olinda começaram a surgir. Como sabia de sua importância, Recife solicitou ao Rei de Portugal que o povoado fosse elevado à vila. No início da separação das duas cidades, Olinda começou uma revolta que teve como chefe Bernardo Vieira de Melo, um proprietário de engenho.
No ano de 1709, após receber a Carta Régia que elevava o povoado do Recife à uma vila, os comerciantes daquele local fizeram a inauguração da Câmara Municipal e do Pelourinho, deixando Recife oficialmente independente de Olinda.
Olinda se revoltou com a decisão e começou a invadir o Recife. Demoliram o Pelourinho e soltaram os presos, com o objetivo principal de atacar o governador Sebastião de Castro Caldas Barbosa, que fugiu para a Bahia pensando em sua segurança e deixou o governo nas mãos do bispo Manuel Álvares da Costa.
Foi aí que em 1711, os mascates contra-atacaram invadindo Olinda, destruindo e incendiando engenhos e vilas da região. A guerra só teve uma pausa quando a Coroa Portuguesa decretou em 1711 que um novo governante fosse nomeado, com o intuito de por um basta naquele conflito.
Felix José de Mendonça foi o escolhido para esse cargo e imediatamente apoiou os mascates portugueses e ordenou que todos os latifundiários de Olinda que estavam envolvidos com o conflito fossem presos. Além disso, como uma forma de evitar novas guerras no futuro, ele decretou que a administração fosse transferida semestralmente para cada uma das duas cidades em questão. Dessa forma, nenhuma das duas poderia alegar que a outra estava sendo favorecida por Félix José.