No ano de 1838, o compromisso de paz que havia sido firmado foi rompido. Neste ano uma série de novas agressões, agora ainda mais intensas, começou a acontecer. Esse novo conflito tomou proporções bem maiores que os anteriores e consequentemente as respostas por parte dos Mórmons também passaram a ser mais intensas.
Esse conflito também ficou conhecido como Guerra Mórmon do Missouri, pois ocorreram outras duas Guerras Mórmons, uma em Utah e outra em Illinois. No dia 6 de agosto de 1838 aconteceu a eleição de Gallatin, e foi nesse dia que essa Guerra começou, pois a comunidade não Mórmon usou a força para impedir que os Mórmons votassem na eleição de Gallatin, a capital do condado de Jackson.
Os líderes Mórmons, principalmente, estavam sendo muito pressionados pela situação e adquiriram uma residência na cidade de De Witt, porém foram cercados por não Mórmons armados e acabaram sendo expulsos da cidade. Com isso eles se mudaram para o condado de Caldwell.
E as ameaças continuavam, os Mórmons foram forçados a se deslocarem várias vezes por causa da ameaça armada que sofriam das comunidades. Muitas batalhas ocorreram contra os Mórmons no Missouri e houve um momento em que o conflito ficou tão intenso que chegou a ser publicada uma ordem de extermínio contra os Mórmons, que deveriam ser considerados inimigos para que fosse possível alcançar a paz pública.
A Guerra Mórmon teve fim em novembro de 1838, os Mórmons foram caçados, muitos foram mortos até que se conseguiu prender os líderes da religião. Com Joseph Smith preso, junto a ele os outros líderes, o Missouri acusou os Mórmons do conflito e os obrigou a vender suas terras para pagar a milícia estatal. Eles tiveram um mês para abandonarem o estado, boa parte deles se mudaram para o leste, em Illinois, lá os moradores da cidade de Quincy os ajudaram.
Em seguida eles fundaram uma nova cidade chamada de Nauvoo. Joseph Smith, Sidney Rigdon e outros líderes da Igreja de Jesus Cristo dos Santos dos Últimos Dias foram processados. Joseph foi impedido de sair da custódia, mas conseguiu fugir e se unir aos outros Mórmons em Illinois.