No ano de 1987 prestou concurso para ser professora titular de filosofia, ministrando aulas no Departamento de Filosofia da Universidade de São Paulo. Sua especialização foi em História da Filosofia Moderna e em Filosofia Política.
Atualmente, Marilena, casada com o historiador Michael Hall, atua como historiadora de filosofia brasileira, além de ser professora de Filosofia Política e de História da Filosofia Moderna na Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas da Universidade de São Paulo.
Seu trabalho e produção acadêmica conquistaram também pessoas leigas e desvinculadas do universo acadêmico, pois a professora conseguiu conquistar grande êxito com trabalhos escritos em estilo didático singelo com fácil compreensão aos leigos.
Apesar de ter uma carreira profissional brilhante, a professora Chaui não é apenas respeitada devido às suas obras acadêmicas, mas também por manter uma intensa e frequente atuação no âmbito intelectual e político Brasileiro. Marilena Chaui foi uma das fundadoras e participantes no Partido dos Trabalhadores, onde ainda é integrante, membro do Diretório Estadual e também do Diretório Municipal do PT.
Atualmente é Presidente da Associação Nacional de Estudos Filosóficos do século XVII, Doutora Honoris Causa pela Universidade Nacional de Córdoba, Doutora Honoris Causa pela Universidade de Paris VIII e sua obra relata temáticas profundas como a universidade pública, ideologia e cultura, tendo como destaque os livros “Da Realidade sem Mistérios ao Mistério do Mundo”, “Repressão Sexual”, “Introdução à História da Filosofia”, “A Nervura do Real”, “Convite à Filosofia”, entre muitas outras.