Em 1501, ele ganhou o posto de cônego da Catedral de Frauenburg, logo após ser ordenado padre ao ter retornado à Polônia. Pouco tempo depois, Copérnico deixou esse cargo e voltou novamente a carreira acadêmica na Itália.
Tempos depois de voltar para a cidade de Frauenburg, em 1506, ele assumiu o cargo de secretário e médico particular do tio Lukasz, em Heilsberg. Passados seis anos, em 1512, o tio de Copérnico morre e ele retorna, agora com residência fixa, para Frauenburg. Na oportunidade, de forma vitalícia ele passou a ocupar, de novo, o posto de cônego.
Sem abandonar as ocupações de cônego e médico, Copérnico prosseguiu se aprofundando em várias disciplinas, sobretudo na astronomia, inclusive, criando instrumentos para observação dos astros. Foi então que, em 1513, ele conseguiu iniciar os primeiros cálculos matemáticos com base no sistema heliocêntrico, tal iniciativa foi possível graças às operações numéricas elaboradas a partir dos seus estudos.
Sem data precisa de quando foi escrito, “Pequeno Comentário sobre as Hipóteses de Constituição do Movimento Celeste” foi o primeiro livro publicado por Copérnico. O mesmo teve bastante receio de como a Igreja Católica reagiria em relação aos seus comentários, tanto que muitas de suas afirmações foram adiadas inúmeras vezes por temer a reação do catolicismo. Todavia, a disseminação da sua teoria era cada vez mais mais ampliada e aceita.
Após conhecer o alemão Georg Joachim von Lauchen, popularmente chamado de Rheticus, em 1539, ambos passaram a trabalhar juntos no aprofundamento de vários estudos e, em 1540, publicaram “Prima Narratio”, obra informativa que descrevia as investigações realizadas pela dupla.
A partir de 1541, Rheticus intermediou toda a teoria de Copérnico para publicação. Entretanto, a obra “Das Revoluções dos Corpos Celestes” só veio a ser publicado em 1543, tendo, inclusive, sofrido várias alterações negadas pelo autor. Em maio do mesmo ano, de posse do manuscrito autêntico do livro, Copérnico veio a falecer.