O acusado sofreu um processo fraudulento, de portas fechadas. Dreyfus foi condenado à prisão perpétua e exilado para a Ilha do Diabo, na Guiana Francesa. A imprensa antissemita manobrava os fatos e incitava a população a acusar o judeu. Desse modo, o veredicto foi confirmado pelo povo durante um julgamento público.
O caso Dreyfus dividiu a sociedade francesa. De um lado, estavam o governo, os partidos conservadores, o exército nacionalista e a Igreja. Eles se uniram e criaram um grupo conhecido como anti-Dreyfus. O viés de pensamento já estava mais do que explícito.
Por outro lado, o que podemos chamar de forças progressistas se uniram. Esse grupo era formado por republicanos, socialistas e anticlericais, todos liderados pelo romancista Émile Zola e pelo dirigente socialista Jean Jaurès. Eles promoviam uma luta pelo respeito aos direitos humanos na República.
Em 1896, saiu à luz uma prova que colocava um oficial do exército francês, Ferdinand W. Estherhazy como verdadeiro culpado e autor da espionagem. Apesar da tentativa militar de suprimir as evidências, Esterhazy foi julgado em 1898. Mas, é claro, ele depois foi absolvido pelo tribunal militar, em um julgamento que durou apenas alguns minutos. No mesmo ano, tornou-se público que o Major Henry havia falsificado grande parte da prova utilizada para condenar Dreyfus.
Foi então, que Émile Zola escreveu uma carta aberta direcionada ao então presidente francês Felix Fauré, intitulada “J’accuse!”, em português, “Eu acuso!”. Essa carta tecia fortes críticas à imprensa francesa, ao governo, aos militares e aos juízes – acusando-os de cumplicidade. Esse foi um verdadeiro “Manifesto dos Intelectuais”, termo dado à carta, que representava as pessoas que oferecem suas ideias de forma livre.
Zola foi sentenciado à prisão por injúria, mas conseguiu fugir para a Inglaterra. Conforme documentos oficiais, Émile Zola faleceu em 29 de setembro de 1902, em sua casa, devido à inalação de uma quantidade letal de monóxido de carbono, que teria sido proveniente de sua lareira, que estava, supostamente, defeituosa.
O caso então foi reaberto em 1899, mas a soberba do tribunal militar o impediu de aceitar a realidade, e Dreyfus foi julgado culpado novamente, dessa vez, com pena de 10 anos de reclusão. No entanto, a situação política havia mudado e o presidente Émile Loubet se viu obrigado a lhe outorgar perdão.
Em 1906, o Tribunal de Apelação anistiou Dreyfus e lhe concedeu a Legião de Honra. Mesmo assim sua inocência só pode ser comprovada em 1930, quando os documentos de Schwartzkoppen foram publicados.