Derivado desse processo de recombinação gênica, existem as consequências que podem ser várias. Quando em organismos assexuados, os genes são herdados juntos ou ainda ligados, uma vez que não se pode misturar, neles, genes de outros organismos durante a reprodução. Nos sexuados, por sua vez, acontece uma mistura aleatória dos cromossomos dos pais, originada pela segregação cromossômica.
Nesse processo de recombinação gênica, acontece uma troca de DNA entre cromossomos homólogos dos organismos sexuados e, esse processo de embaralhamento, permite que os alelos, mesmo que próximos, em uma cadeia de DNA segreguem de forma independente.
Isso, no entanto, acontece cerca de um evento de recombinação para cada milhão de pares de bases, quando em humanos, e por isso os genes próximos num cromossomo geralmente não são separados e, consequentemente, tendem a ser herdados juntos. Chamamos de haplótipo o conjunto de alelos que normalmente é herdado em conjunto, e essa “co-herança” pode significar que o locus está sob uma seleção considerada positiva.