Os Marinheiros não conseguiam mais suportar aquela situação de violência que lhes era imposta, qualquer detalhe seria capaz de causar uma verdadeira revolução para aqueles homens, que já estavam revoltados com a prática das punições. A revolta aconteceu depois de um fato em especial, o número de chibatadas designada para cada pessoa que descumprisse uma ordem era de 25, porém, certo dia o marinheiro Marcelino Rodrigues feriu um amigo de trabalho por distração, dentro do encouraçado Minas Gerais, que estava indo em direção ao Rio de Janeiro. Isso deu a ele a maior punição já vista, recebendo 250 chibatas, dez vezes mais que o normal. Ele foi açoitado na presença de todos, e mesmo depois de ter perdido os sentidos, continuou a ser chicoteado. Os superiores do navio não imaginaram que isto fosse desencadear tal revolta, e foi justamente o que aconteceu. Os revoltosos se rebelaram e chegaram a matar três oficiais, assim como o comandante do navio. Quando chegaram a Bahia de Guanabara eles conseguiram mais apoio para sua causa, com os marinheiros do encouraçado São Paulo.
O primeiro a esboçar uma reação diante da crueldade dos atos que envolviam as práticas de castigos, e chibatadas foi um marujo negro e analfabeto chamado João Cândido ele liderou o protesto, que tomou o controle dos couraçados de Minas e de São Paulo. Depois de tomado o controle de ambas embarcações, enviaram um telegrama ao presidente contendo todas as suas reivindicações.
Entre seus pedidos estavam:
Caso o governo negasse seus pedidos eles iriam usar de toda a força que tinham em mãos para bombardear a capital.
Com a situação cada vez mais alarmante, que fazia com que os grupos políticos oposicionistas aproveitassem a situação em favor próprio, o governo decidiu atender aos pedidos, e em poucos instantes o Congresso votou a lei que abolia a prática dos castigos físicos e absolvia todos os envolvidos na revolta, fazendo assim com que eles não viessem a sofrer nenhum tipo de punição.
Quatro dias após o conflito, o então Presidente Hermes da Fonseca decretou o fim de toda prática violenta e o perdão aos marinheiros, e após a entrega das armas e embarcações, Hermes da Fonseca solicitou que alguns revoltosos fossem expulsos. Isso provocou grande insatisfação entre os marinheiros, que se enxergando como os vitoriosos de uma primeira guerra contra o governo decidiram fazer um outro motim, desta vez na Ilha das cobras.
Mas nem tudo ocorreu tão bem quanto eles imaginavam, já que o governo de Hermes era autoritário, e mesmo descumprindo suas próprias ordens, não perdoou os revoltosos e ordenou a prisão de alguns participantes da revolta. O governo agiu fortemente, reprimindo os marinheiros, muitos deles foram presos nas próprias celas subterrâneas da ilha da Fortaleza da Ilha das Cobras, o que levou muitos prisioneiros a morte, devido as terríveis condições de vida do local. Outros foram enviados para a Amazônia, onde passaram a prestar trabalho forçado, quase como escravos, na produção de borracha, nos seringais.
João Cândido, o líder da revolução, foi expulso da marinha e internado em um Hospital de alienados, sendo declarado como louco. Um local que conseguia ser pior do que qualquer prisão. Em 1912 ele e outros marinheiros foram absolvidos das acusações referentes a revolta, e em 1969 ele morreu acometido por um câncer, pobre e esquecido.