Por esse motivo aconteceu uma sangrenta guerra civil, que durou entre fevereiro de 1893 e agosto de 1895. Essa batalha atingiu regiões que se encontravam entre o estado do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná.
Quando em 1891 o presidente Deodoro da Fonseca renunciou ao cargo, isso fez com que Floriano Peixoto automaticamente assumisse as rédeas do governo. O que não foi visto com muita satisfação por boa parte da população. Sabendo que poderia sofrer com revoltas ele tratou de buscar alianças que o fortalecessem e mantivessem o controle de sua administração, adotando primeiramente medidas bastante populares, para que assim conseguisse cativar a classe mais humilde.
Entre suas atitudes podemos dar como exemplo:
Mesmo assim, o novo presidente ainda teve que se ver a frente de uma forte oposição, principalmente de alguns militares que não aceitavam e nem reconheciam a legitimidade de seu mandato. Eles alegavam que Floriano não havia seguido o que regia a Constituição, o que de fato era verdade, já que ele só poderia se tornar presidente se Deodoro tivesse passado ao menos 2 anos no poder, e o mesmo renunciou quando estava com nove meses de governo. Floriano, por sua vez, fingia não ligar para nenhuma dessas reclamações, e alegava que essa lei não tinha nenhuma ligação com seu mandato, que havia sido executado por meio de voto indireto.
Essa discórdia no que dizia respeito a posse do novo presidente ser ou não válida rompeu a capital da federação e tomou outros estados, chegando ao Rio Grande do Sul, e despertando a grande revolta que conhecemos como Revolução Federalista.
Tínhamos nesse embate dois partidos distintos, de um lado os republicanos, apoiados por Floriano Peixoto e tendo como líder o governador estadual Júlio de Castilhos. Seu oponente eram os federalistas, que tinham como líder Gaspar Oliveira Martins, que acreditavam que a natureza da República da Espada, que era como ficava conhecido o governo dos Marechais, deveria ser substituída por um regime parlamentar.
Como já era de se imaginar, o atrito entre os dois partidos desencadeou uma violenta guerra civil. Para dar apoio a Júlio de Castilhos, Floriano enviou tropas para acabar de vez com aquela situação e manter a segurança do regime. Só em junho de 1895 os conflitos chegaram ao fim, com as batalhas no campo de Osório. Restaram apenas quatrocentos homens ao lado do federalista Saldanha da Gama, que em nenhum momento se entregou e lutou até a morte.
Para encerrar de vez o conflito e evitar que futuros levantes pudessem vir a tona, foi assinado um acordo de paz em agosto de 1895, durante o governo de Prudente de Moraes, no qual todos os envolvidos recebiam a anistia para voltarem as suas vidas sem nenhum tipo de condenação.