A Capes (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior) é um dos caminhos para o estudante conseguir uma bolsa de mestrado. A agência de fomento do Ministério da Educação distribui bolsas de mestrado e de doutorado diretamente às instituições de ensino superior.
Os programas de pós-graduação de instituições públicas e privadas recebem uma quantidade de bolsas para mestrado, doutorado e pós-doutorado, de acordo com os diversos critérios de avaliação do órgão, que incluem a quantidade de publicação de estudantes, publicação de professores, tempo de defesa, dentre outros.
O método de seleção dos bolsistas é definido pela coordenação dos cursos de mestrado e doutorado. É importante ressaltar que o aluno deve ter desempenho acadêmico satisfatório e se dedicar integralmente ao programa de pós-graduação. A Capes também é responsável por coordenar o Sistema Nacional de Pós-Graduação, realizando a avaliação de todos os cursos de pós-graduação do Brasil.
O CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico) é a agência de fomento do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação. No site do CNPq, é possível consultar diversas oportunidades de bolsas, desde o ensino médio até o doutorado. As mesmas regras são válidas para universidades e instituições públicas e privadas.
As Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa, cujos recursos têm origens diversas, têm regras próprias. Cada fundação define os valores de suas bolsas e muitas delas exigem relatórios periódicos. A Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, por exemplo, oferece bolsas maiores do que as das agências federais.