Enquanto o vermelho da bandeira representa a seita Kharijite do Islã, religião muito presente neste país, a cor branca simboliza a paz com seus vizinhos, ressaltando o período de trégua com os países ao redor. Além disso, ainda há um significado para os cinco triângulos que separam as cores vermelha e branca no estandarte. Para alguns historiadores, estas formas geométricas simbolizam os cinco pilares do Islã.
Antes de ter as características de agora, a bandeira de Bahrein passou por um processo cheio de transformações de acordo com o período em que o país se encontrava. Portanto, as mudanças com o passar do tempo foram: