Em meio ao período de inscrição, o candidato deve efetuar a escolha, por ordem de preferência, até duas opções entre as vagas ofertadas pelos estabelecimentos de ensino participantes do Sisutec. Ao todo, duas chamadas são realizadas, sendo que os selecionados na primeira convocação no curso de preferência deixam de concorrer às vagas, mesmo que não tenham se matriculado no curso. Os candidatos que foram classificados para o curso de segunda opção na primeira chamada continuam na disputa por uma vaga no curso preferencial, desde que não tenham realizado a matrícula no curso.
O candidato também deve selecionar se deseja concorrer às vagas destinadas aos estudantes que cursaram o ensino médio completo em escola de rede pública ou em escola particular na condição de bolsista integral; ou às vagas reservadas para pretos, pardos e indígenas que cursaram o ensino médio completo em escola pública ou em escola particular com bolsa integral. No decorrer do período de inscrição, é permitido que o candidato modifique as suas opções, sendo a será validada a última inscrição confirmada.
Ao término do período de inscrição, o sistema seleciona os candidatos mais bem classificados em cada curso, de acordo com as notas obtidas nas provas do Enem. São selecionados os candidatos classificados dentro do número de vagas ofertadas pelo Sisutec em cada curso.
São realizadas duas chamadas sucessivas e, em cada uma delas, os candidatos selecionados têm um prazo para efetuar a matrícula na instituição de ensino. Após as duas chamadas sucessivas, é aberto o prazo para inscrição nas possíveis vagas remanescentes nos cursos das instituições de ensino.