Em 1874, Antônio Conselheiro, como passou a ser chamado, decidiu fixar residência no sertão da Bahia. Nesse local, ele fundou o Arraial do Bom Jesus, localizado na vila de Itapicuru de Cima.
A concentração de seguidores de Antônio Conselheiro em busca de milagres e conselhos incomodou o bispo católico da Bahia que decretou uma proibição para os fiéis católicos.
O comportamento de Antônio Conselheiro o levou, inclusive, a quase ser internado em um hospício no Rio de Janeiro. O líder baiano só não ficou internado porque não tinha vaga.
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Livre novamente, em 1893, Antônio Conselheiro ganhou mais destaque nacional quando convocou seus seguidores a queimar os editais que autorizavam a cobrança de impostos nas cidades do interior. Isso levou a polícia a entrar em confronto com os fiéis, que saíram vitoriosos, mas tiveram que deixar o acampamento.
Fugindo da polícia, Antônio Conselheiro e seus seguidores conseguiram se refugiar em uma fazenda chamada de Canudos, que ficava às margens de um rio, ao norte do estado da Bahia.
Com o passar dos anos, a comunidade de Canudos se desenvolveu e passou a ser sustentável com suas próprias hortas, gado e comércio. Enquanto isso, as autoridades como a polícia, igreja e governo não enxergam com bons olhos o desenvolvimento do grupo liderado por Antônio Conselheiro.
Finalmente, em 1897, a polícia conseguiu pôr em prática a sua invasão ao povoado de Canudos que sofreu a maior baixa com grande parte do seu exército dizimada. A batalha final ocorreu em 05 de outubro de 1897. O saldo foram milhares de seguidores de Antônio Conselheiro mortos, inclusive o seu próprio líder, que foi decapitado.
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A história de resistência do povo de Canudos e do seu líder ficou conhecida por conta do autor Euclides da Cunha que escreveu a primeira grande reportagem brasileira em seu livro chamado ‘Os sertões’, publicado em 1902.